Desde época romana, tuvo el carácter de fortaleza por su privilegiada situación a orillas del río Guadalquivir, dominante del Puente romano por donde transcurría la Vía Augusta, paso obligado para las rutas militares y comerciales con Andalucía. Los numerosos restos arqueológicos que siembran su suelo, nos dan testimonio de las sucesivas culturas que se asentaron en esta ciudad: sillares, columnas y capiteles romanos, zócalos, molduras visigodas y árabes, aparecen empotrados entre sus paredes y muros.

El Alcázar formaba parte del conjunto de edificios que constituían el Palacio Califal y, como punto defensivo, fue arrasado por las distintas invasiones que sufrió la ciudad. Tras la conquista cristiana en 1236 por el rey Fernando III el santo, el alcázar se convirtió en residencia real, reedificándose completamente en 1327 por el rey castellano Alfonso XI El Justiciero, confiriéndole la fisonomía de castillo con la que ha llegado a nuestros días.

El Alcázar es un complejo defensivo que se aleja de los cánones tipológicos de las fortalezas árabes, un hito constructivo de la arquitectura militar de la Reconquista cristiana en Córdoba. A partir de 1482 fue Cuartel General de las tropas de los reyes Católicos. Durante diez años desde el Alcázar, se organizó la estrategia de la conquista del Reino de Granada, se desarrollaron las conversaciones con Cristóbal Colón y sus preparativos del primer viaje a América.

Fue calificado Monumento Histórico, el 4 de Junio de 1931 y edificio integrado en la zona declarada por la UNESCO como patrimonio de la Humanidad en 1994; así mismo sus jardines están protegidos por el P.G.O.U. de 1986 con categoría 2B.